No obstante, rechaza la petición de los querellantes de investigar la responsabilidad penal del que entonces era presidente de El Salvador, Alfredo Cristiani Burkard, argumentando que no existe "base indiciaria suficiente" para imputarle y que, además, se le atribuye un delito de encubrimiento que no tiene la naturaleza de "persecución universal".

En su resolución, el juez Velasco también ordena la declaración testifical del ex fiscal general de la República Belisario Amadeo Artiga, del juez Ricardo Zamora y los abogados Henry Campos y Sidney Blanco. Estos dos úlitmos fueron los fiscales asignados al caso cuando se enjuició en El Salvador y renunciaron cuando, según la querella, fueron obligados a minimizar el interrogatorio a los militares imputados. Posteriormente, representaron a las acusaciones particulares.

Asimismo, libra con carácter urgente una comisión rogatoria a las autoridades de este país para que le remitan testimonio completo de la causa penal que se llevó a cabo en el Juzgado Cuarto de lo Penal de San Salvador, a fin de conocer los "mecanismos de perdón y de extinción de la responsabilidad criminal" de los que pudieron beneficiarse los "autores intelectuales y/o materiales de los asesinatos".

También se dirige a la Justicia de Estados Unidos para que tome testimonio a William McCollum, miembro de la Delegación que viajó a El Salvador como parte de una comisión del Congreso de Estados Unidos que investigó estos hechos en 1990, y al mayor del Ejército norteamericano Erick Buckland. Justicia universal

La querella fue presentada el pasado 13 de noviembre por la APDHE, que cuenta con el apoyo del Centro de Justicia y Responsabilidad (CJA), con sede en San Francisco (Estados Unidos). A este último colectivo, el juez Velasco le solicita el original de sus estatutos y su acta de constitución para que pueda personarse como parte acusadora. Las asociaciones querellantes basaban su reclamación en que cinco de las víctimas eran españolas y en el principio de justicia universal, que permitió en 1998 el arresto del dictador chileno Augusto Pinochet por orden del juez Baltasar Garzón.

Los asesinatos, atribuidos a miembros del Batallón Atlacatl del ejército salvadoreño, fueron cometidos el 16 de noviembre de 1989 en la Universidad Centroamericana José Simeón Cañas (UCA) de San Salvador. En concreto, perdieron la vida el rector del campus, Ignacio Ellacuría; y los sacerdotes Amando López, Juan Ramón Moreno, Segundo Montes e Ignacio Martín Baró, todos de nacionalidad española; el religioso salvadoreño Joaquín López y López; y el ama de llaves Elba Julia Ramos y su hija Celina, nacidos también en el país sudamericano.

La querella, interpuesta en nombre de Alicia Martín-Baró, religiosa carmelita y hermana de una de las víctimas, está dirigada contra los generales Humberto Larios, René Emilio Ponce, Juan Rafael Bustillo y Juan Orlando Cepeda; los coroneles Inocente Orlando Montano y Francisco Elena Fuentes; los tenientes Carlos Camilo Hernández Barahona, José Ricardo Espinoza Guerra y Gonzalo Guvara Cerritos; los sargentos Antonio Ramiro Ávalos Vargas y Tomás Zarpate Castillo; el cabo Ángel Pérez Vasquez y los soldados José Alberto Sierra Ascensio y Óscar Mariano Amaya Grimaldi.

Por su parte, Alfredo Cristiani, presidente del país centroamericano entre 1989 y 1994, fue acusado por los querellantes de encubrir estos crímenes, que precipitaron el final de la guerra civil en El Salvador, que enfrentó desde 1980 hasta 1992 a las Fuerzas Armadas de El Salvador y las fuerzas insurgentes del Frente Farabundo Martí para la Liberación Nacional (FMLN).

En 1993 la Asamblea Legislativa de ese país aprobó una amnistía general que, según denuncia la APDHE, "ha protegido hasta el día de hoy a los responsables, que continúan libres y gozan de cierta influencia política en el país".