Su asesinato coincidió con la mayor ofensiva miliar del Frente Farabundo Martí para la Liberación Nacional (FMLN) en los doce años en que se prolongó la guerra civil, y la guerrilla culpó a los "escuadrones de la muerte" mientras que el presidente Cristiani aseguró que la Justicia investigaría lo sucedido. Dos años después, en septiembre de 1991, nueve militares salvadoreños fueron juzgados como responsables del asesinato, aunque siete fueron absueltos y sólo dos (el coronel Guillermo Alfredo Benavides, director de la Escuela Militar, y el teniente coronel Yusshi René Mendoza) fueron condenados a 30 años de cárcel.
Sin embargo, los acuerdos de paz suscritos por el Gobierno salvadoreño y el FMLN el 16 de enero de 1992, abrieron la puerta a nuevas investigaciones, al establecer la creación de una Comisión de la Verdad, integrada por personalidades nombradas por la ONU, para investigar crímenes políticos, que determinó que Benavides cumplió órdenes de altos cargos del Gobierno y el Ejército y que el asesinato fue planificado por el Estado Mayor Conjunto del Ejército.
Benavides y Mendoza cumplieron sólo dieciocho meses de cárcel después del juicio, ya que se acogieron a una Ley de Amnistía aprobada por la Asamblea Legislativa salvadoreña en marzo de 1993. El caso despertó de nuevo en el año 2000 debido a que la Compañía de Jesús solicitó su reapertura a la Fiscalía General de El Salvador y pidió que Cristiani y el entonces ministro de Defensa, el general Rafael Humnero Larios, fueran enjuiciados por "omisión" al no haber impedido que se ejecutara el crimen.
Además los religiosos pidieron el enjuiciamiento como autores del asesinato de los generales René Emilio Ponce, Inocente Montano, Rafael Bustillo, Francisco Elena Fuentes y Orlando Zepeda. Un juzgado de San Salvador archivo la causa en diciembre de 2001, decisión que fue ratificada en 2004 por la Corte Suprema, tras lo que en 2006 la Compañía de Jesús presentó el caso ante la Comisión Interamericana de Derechos Humanos (CIDH) de la Organización de Estados Americanos (OEA).
El 13 de noviembre de 2008 la Asociación Pro Derechos Humanos de España (APDHE), y el Centro de Justicia y Responsabilidad (CJA), con sede en San Francisco (EEUU), denunciaron ante la Audiencia Nacional española al ex presidente salvadoreño y a catorce miembros de su Ejército por su presunta implicación en el asesinato. Una denuncia ante la que la Compañía de Jesús consideró que debían ser las instancias nacionales las que hicieran justicia por el crimen, aunque mostró su respeto a las gestiones realizadas por tribunales internacionales.
Finalmente, hoy el juez de la Audiencia Nacional Eloy Velasco ha admitido la querella presentada por la APDHE contra esos catorce militares, a los que investigará por delitos de asesinatos terroristas y contra el derecho de gentes. La resolución argumenta que contra el ex presidente Cristiani no hay "base indiciaria suficiente" para admitir la querella, además de que no se le ha imputado "participación en crímenes terroristas o de otra naturaleza de persecución universal", sino un supuesto delito de encubrimiento que no tiene "persecución" universal.
