Militante del PNV desde su juventud, ocupó la Alcaldía de Llodio hasta 1987, aunque tres años antes -en 1984- obtuvo un escaño en el Parlamento vasco. Entre 1986 y 1994, ocupó la presidencia de la Comisión de Economía y Presupuestos de la cámara vasca, cargo que compatibilizó unos años con la presidencia de las Juntas Generales de Alava.
En 1995, dio el gran salto: el entonces lehendakari, José Antonio Ardanza, le incluyó en su gabinete como vicelehendakari y consejero de Hacienda y Administración Pública.
Sus éxitos negociadores en la renovación del Concierto económico le catapultaron a la candidatura a lehendakari, tras dedicar también muchas horas a perfeccionar el euskera, lengua que ya domina, al igual que el inglés.
Así, en marzo de 1998, el PNV le nombró candidato a la presidencia del Gobierno vasco. El hecho de que el PNV no obtuviera mayoría absoluta hizo que tuviera que esperar varios meses -hasta enero de 1999- para ser investido lehendakari, con los 21 votos de su partido, los 6 de EA y los 14 de la sucesora de Batasuna, EH.
Investido lehendakari el 2 enero de 1999, llegó a la Presidencia del Gobierno vasco coincidiendo con una tregua adoptada por ETA en septiembre anterior y el pacto Estella/Lizarra. El 18 de mayo posterior, HB se sumó al pacto nacionalista de legislatura (PNV-EA).
La ruptura de la tregua el 3 de diciembre de 1999 y la vuelta a la violencia terrorista, puso a su Gobierno en una situación complicada. En septiembre, los diputados de EH abandonaron la Cámara Vasca y dejó en minoría al Ejecutivo nacionalista.
El Gobierno central, el PP y los socialistas exigieron el adelanto de los comicios a Ibarretxe que, incluso, tuvo que superar dos mociones de censura presentadas por PSE y PP en octubre del 2000. Finalmente, convocó elecciones anticipadas para el 13 de mayo.
Ganó la coalición PNV-EA y, el 12 de julio, Ibarretxe fue reelegido lehendakari en segunda votación con los apoyos de PNV, EA e IU. Tomó posesión dos días después.
Propuesta de un nuevo Estatuto
Esta VII legislatura estuvo marcada por la propuesta del nuevo Estatuto Político para la Comunidad de Euskadi, conocido como Plan Ibarretxe, y la ilegalización de Batasuna.
Ya en el primer pleno de política general del Parlamento Vasco celebrado el 27 de septiembre del 2002, el lehendakari planteó al Estado español un "nuevo pacto político", sustentado en la libre asociación del País Vasco al Estado, de manera que en esta comunidad se llegara a una situación de "soberanía compartida", y propuso que la iniciativa fuera sometida a referéndum.
En octubre del 2003 el Gobierno vasco aprobó la propuesta del nuevo Estatuto.
La llegada del PSOE al Gobierno tras las generales de marzo del 2004 propició un cambio de clima político que permitió que el 26 de julio el presidente José Luis Rodríguez Zapatero y el lehendakari se reunieran por vez primera en La Moncloa. Ambos mandatarios formalizaron el restablecimiento de las relaciones institucionales e iniciaron el diálogo sobre el futuro de Euskadi, si bien Zapatero rechazó el plan soberanista del presidente vasco.
El 1 de febrero del 2005 fue rechazado en el Congreso por amplia mayoría la tramitación del proyecto de reforma del Estatuto, que había sido aprobado el 30 diciembre del 2004 en el Parlamento Vasco por mayoría absoluta. El lehendakari anunció entonces elecciones autonómicas para el 17 de abril.
Juan José Ibarretxe se presentó por tercera vez a la Presidencia vasca como candidato del PNV-EA, coalición que obtuvo la victoria. Reelegido lehendakari el 23 de junio, juró el cargo dos días después.
Imputado por hablar con ETA
En marzo del 2006, después de que ETA anunciara un alto el fuego permanente, inició una ronda de reuniones con los partidos vascos para analizar la situación, lo que le llevó a entrevistarse el 19 de abril con tres miembros de la ilegalizada Batasuna. El Foro de Ermua interpuso una querella contra los cuatro por la presunta comisión de varios delitos, a la que se sumó la Asociación Dignidad y Justicia.
Convertido en el primer lehendakari en prestar declaración como imputado, aseguró ante el juez el 31 de enero de 2007 que seguiría hablando con Batasuna para conseguir la paz. De hecho, el día 22 de ese mismo mes se había vuelto a reunir con representantes de la formación ilegalizada y de nuevo fue citado a declarar.
El juez decidió acumular la instrucción de la causa al proceso abierto contra los dirigentes del PSE-EE Patxi López y Rodolfo Ares por el mismo presunto delito de desobediencia por reunirse con representantes de Batasuna.
El 12 de enero del 2009, el Tribunal Superior de Justicia del País Vasco decidió el sobreseimiento de la causa dado que la acusación particular (Foro de Ermua y Dignidad y Justicia) no tenía la condición de "acusación legítima" en el proceso y por tanto no es suficiente para seguir con el juicio. El Ministerio Fiscal no acusó y tampoco había personadas acusaciones particulares.
Entretanto, concretamente el 28 de septiembre del 2007, el lehendakari anunció una consulta popular sobre el futuro del País Vasco para el 25 de octubre del 2008. La ley de consulta fue aprobada por el Parlamento Vasco el 27 de junio, recurrida por el Gobierno y el Grupo Popular ante el Constitucional y declarada nula por el Alto Tribunal el 11 de septiembre.
Este 1 de marzo del 2009, Ibarretxe repite como candidato. En estos comicios, el PNV concurre en solitario, tras varias legislaturas de coalición electoral con EA.
Su afición al ciclismo
Tras una enfermedad, ya olvidada, adoptó la costumbre de seguir una rigurosa dieta, que le hace estar delgado y que le beneficia para sus tres grandes aficiones: el ciclismo, el atletismo y las largas caminatas por la montaña. Sólo diez días antes de ser lehendakari corrió el medio maratón de Vitoria, y por debajo de la hora y media.
Sin embargo, hace un par de años tuvo que dejar el atletismo por problemas en sus tendones, lo que le llevó a concentrase en la bicicleta, donde acumula kilómetros y palizas, incluida la que se dio al subir el Angliru asturiano.
En sus aficiones se manifiestan dos rasgos de su carácter: la discreción y el trabajo. Nunca habla públicamente de una negociación hasta que está terminada y una de sus frases favoritas es "vamos a trabajar, que se nos va a hacer de noche".
Es, en efecto, poco trasnochador, muy madrugador -el "despertador" de su casa, según afirma-, católico pero no practicante y, sobre todo, muy familiar.
