Sólo en una ocasión, en la Copa de Ferias de 1963-64, el conjunto madrileño superó una eliminatoria ante un contrincante de ese país, el Oporto, al que doblegó en el encuentro de ida en la capital de España por 2-1 y con el que empató sin goles en el choque de vuelta para acceder a los octavos de final de esa competición.
La decepción resume el resto de sus duelos europeos contra rivales portugueses. Los dos más recientes esta misma temporada frente al Oporto en la fase de grupos de la Liga de Campeones, en la que el Atlético perdió por 2-0 en Do Dragao y 0-3 en el Vicente Calderón y quedó eliminado del máximo torneo continental.
El mismo equipo también le apartó de esa competición hace una campaña en los octavos de final. Un empate a dos en la ida en Madrid, donde el Oporto no fue capaz de reflejar en el marcador su superioridad en el terreno de juego, y un 0-0 en la vuelta en Portugal acabó con el conjunto rojiblanco fuera de la 'Champions'.
El Atlético, además, se despidió en dos ocasiones más de la Copa de la UEFA contra clubes lusos: en treintaidosavos de final de la temporada 1981-82, cuando el 3-1 de la vuelta en el Calderón fue insuficiente para superar al Boavista, que había ganado 4-1 en la ida, y en dieciseisavos del curso 1986-87, en el que no logró remontar en casa (1-0) el 2-0 del primer duelo ante el Guimaraes.
